1、在xrf分析儀分析中，某些元素間可能有全部或者部分譜線重疊。基本參數方程要求使用沒有受到譜線重疊影響的凈強度。在這些方程中包含某些經驗的修正。
2、在xrf分析儀分析中，在某些元素間可能存在元素間干擾或者基體效應。來彌補這些效應的經驗方式就是制備一系列校正標樣的曲線，濃度范圍涵蓋要分析的范圍。此時需要仔細設計的參考物質。就是所有不需要分析的元素的含量固定，而要分析的元素濃度不同。這就是所謂基體匹配。當然，在xrf分析儀分析中可使用數學方法來彌補元素間或者基體的效應。
3、干擾也可能來自康普敦譜線或者X射線管中靶材所產生的特征譜線，這些通過使用濾光輪去除，但同時也可能導致分析譜線強度的降低。
4、xrf分析儀分析中，干擾也可能來自金相結構的誤差，由于分析目標元素的密度受到樣品的質量吸收系數的影響，而且數學模型假設的是均質物質，由此帶來誤差。例如，在含有碳和碳化物的鋼材中，鈦和鎳可能以鈦鎳化碳合物的方式存在，相比鐵對于鈦的K-a譜線來講，其具有較低的質量吸收系數，鈦的密度高于這個樣品。
5、對于xrf分析儀由于分析的固體進樣性質，以及樣品表面的性質可能與標樣的差異，導致分析的偏差。
總而言之，樣品與標樣的不同性越大，其誤差越大。所謂不同性包括：基體物質的物理化學性能，例如前面所言的密度，結構，成份組成以及濃度，表面情況，甚至樣品中待測試元素的含量是否在標樣范圍內，每次樣品放置的位置等都對于分析結果的準確度有影響。
